O joagador torna-se mais uma vez o solitário soldado da marinha, um herói sem nome, que, depois de, literalmente, sobriver ao inferno, volta á Terra. Ele descobre que a Terra foi invadida (como mostrado em Doom I). Com a maioria das cidades em ruinas, os ultimos líderes planejam usar a spacecraft para evacuar os sobreiviventes da Terra. No entanto, o Starport é a única foram das naves partirem, e os demonios protegeram-no com um campo de força. Os ultimos soldados da humanidade tentaram liberar o starport, mas eventualmente são todos desimados e o ultimo restante é o jogador.
Doom II não é muito diferente de seu antecessor: não ouve avanço nos gráficos, e a jogabilidade ainda consiste em navegar por niveis não-lineares, pegando chaves para desbloquear novas áreas e matar o máximo de inimigos possivel.
Doom II acabou vendendo dois milhões de cópias, tornando-se o jogo mais vendido da id Software até ser superado por Rage em 2012. Houve elogios por seus muitos inimigos novos e variados, e seu design de mapa inovador que visava ser mais não linear do que seu antecessor. Ele também introduziu o mundo multiplayer de FPS ao MAP01: Entryway, que é considerado um dos melhores mapas de deathmatch já publicados, embora alguns argumentem que MAP07: Dead Simple (Doom II) merece o título de "melhor nível de deathmatch.
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